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距离中国生物信息中心还有多远
2014-03-21 15:38:17
第三方平台
10月1日,包括医学、药学及生命科学从业者及研究者依赖度甚高的NCBI(美国国立生物技术信息中心)网站。由于美国民主、共和两党尚未解决新财年的政府预算分歧,联邦政府的非核心部门被迫关门。
NCBI 是由美国参议员Claude Pepper于上世纪80年代后期发起成立。旨在发展新的信息学技术来帮助理解那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程。此外,NCBI还负责开发自动化系统用于存储、分析关于分子生物学、生物化学、遗传学等方面知识信息;通过研究和医学团体所提供的软件和数据库使得其得以利用;收集国内外生物技术信息资源;开展基于计算机信息处理过程高级方法研究,用于分析生物大分子的结构和功能。
NCBI数据暂停更新,对于世界各地的研究者的影响不言而喻。世界各地的研究者不仅向NCBI提交自己的研究数据,同时还利用其旗下纷繁复杂而又功能强大的数据库帮助推进自己的研究。这对中国研究者的影响更甚,因为中国目前并没有自主的生物信息中心,NCBI数据暂停更新直接影响到中国研究者的工作。
随着高通量技术的发展,生命科学、生物医药的研究已经全面进入了大数据时代,生物信息已成为破译大数据必不可少的工具。中国没有自己的生物信息中心,一直面临着“出口转内销”的模式,科研数据不得不提交到国外数据库,需要数据时又不得不从国外数据库下载;网络技术的限制与瓶颈给科研人员带来了诸多烦恼。尽管中国是数据产出大国,每年向国外数据库递交了大量数据,但在他们眼中,中国一直是作为用户在使用他们免费提供的资源,而未做出任何贡献。这就导致中国在国际上彻底尚失了话语权并造成了负面影响。
庆幸的是,国内已有科研精英意识到建立生物信息数据库的重要性,并且开始正在筹划成立中国自主的生物信息学中心。该计划由陈润生等9位院士联名向院士局提议,现有12个国内优势的生命科学、生物医药、计算科学、生物信息等单位参与,其中包括北京大学生物信息学中心、中科院基因组学中心、北京蛋白质组学中心、太仓生物信息研究所等机构。项目正处于全面调研阶段,预计今年年底完成调研报告的撰写,争取纳入国家的“十三五”规划。
值得一提的是,在NCBI暂停更新之后,太仓生物信息研究所凭借自身技术优势为中国的生命科学研究发挥着积极的作用。
太仓生物信息研究所(TILSI)是一个学术研究机构、非盈利性的事业单位,致力于建设国内外生物数据、分析工具和科学文献资源的整合平台,为支持具有重大战略意义的国家级生命科学研究做出重要贡献,推动中国生命科学、生物医药以及生物信息学研究的发展。
目前TILSI已整合的6种数据类型——基因组、核酸、蛋白质、结构、疾病、分子间相互作用均为生命科学、生物医药研究领域常用的数据库,在NCBI暂停工作期间尚无需要更新的内容。6种类型的11个数据库中仅有Refseq参考序列数据库的数据来源于NCBI,其他数据主要来自EBI,EBI不会因为 NCBI暂停更新而停止更新,所以TILSI的数据资源不会受到影响,用户可放心使用。
另外TILSI自主研发了国内首个生命科学领域的全局搜索引擎bioso!,支持多种数据类型,方便科研工作者在海量的信息中整合出相关的数据。作为数据平台的入口,bioso!为用户提供了跨数据库的 “一站式”检索与“百科全书”式的展示。百科全书分为五个章节,已对外开放三个章节-基因与基因组,基因型与表现型,相互作用与网络;剩余两个章节处于准备阶段。
早日成立中国自主的生物信息学中心,从而整合国内现有的优质资源,开发出中国特色的数据库与服务,更好地为中国用户提供科研支撑,并且通过加入国际联盟,参与国际合作,才能提升中国在国际上的地位和话语权。
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化学词典告诉你碳酸状态是有机物吗以及碳酸的危害,碳酸(H₂CO₃)是一种二元弱酸,电离常数都很小。碳酸酸性极低,其饱和水溶液pH约为5.6,正常雨水ph约为5.6,就是因为CO2溶于雨水生成碳酸。 碳酸状态是有机物吗通常把含碳元素的化合物叫做有机化合物,简称有机物。其组成中除含有碳外,还通常含有H、O、S、N、P等。有机物中一般含有碳元素,组成中含有碳元素的物质不一定是有机物。无机化合物通常指不含碳元素的化合物,但少数含碳元素的化合物,如二氧化碳、碳酸、一氧化碳、碳酸盐等也属于无机物。碳酸的危害有时,碳酸也会给我们日常生活带来麻烦。地面上的二氧化碳气体溶于水,生成碳酸。当地面水渗入地下时,碳酸也被带到地下,并与地下石灰岩里不溶于水的碳酸钙发生化学反应,生成可溶于水的碳酸氢钙。含有碳酸氢钙的水称为“硬水”,因此地下水都属于“硬水”。江河里的水不含碳酸氢钙,不是“硬水”(硬水是指有较多钙离子和镁离子等金属阳离子,它们的碳酸盐是不可溶解于水的)有些地方所用的自来水的水源是地下水,在煮开水时,水中的碳酸氢钙受热分解成碳酸钙、二氧化碳和水。碳酸钙是不溶解在水中的沉淀物,它沉积在水壶和锅炉的壁上,天长日久便成为一层白色的很坚硬的物质,称为锅垢(俗称水碱)。这层碳酸钙的导热性很差,因此烧水时会浪费燃料。如果锅炉和管道中的锅垢太厚,还有发生爆炸的危险。所以,工业生产中总是把“硬水”先用化学方法除去或减少碳酸钙,使它软化以后再用。

化学词典告诉你甲酸乙酯用途及水解方程式,甲酸乙酯为允许使用的食用香料,又称蚁酸乙酯,其化学结构上具有活泼羰基和酯基性质,有还原性,能进行酯缩合反应,能混溶于乙醇、乙醚、苯和丙二醇,微溶于矿物油和水(在水中逐渐分解),易燃烧,蒸气可与空气形成爆炸性混合物。 甲酸乙酯用途用作醋酸或硝酸纤维的溶剂。在食用香精主要用于果香型如樱桃、杏子、桃子、草莓、苹果、凤梨、香蕉、葡萄等果香型香精中。在酒用香精中常用于调配朗姆酒、白兰地。威士忌和白葡萄等酒香型香精。也可用于日用香精的调配和医药生产。在日用化学品香精中偶尔用于修饰花香型,在食用香精中主要用于果香型如樱桃、杏子、桃子、草莓、悬钩子、苹果、凤梨、香蕉、梅子、葡萄等。在酒用中常用于朗姆、白兰地、威士忌和白葡萄等型中。甲酸乙酯用作硝酸纤维素、乙酸纤维素等的溶剂,以及食品、香烟、谷类、干燥果品等的杀菌剂、杀幼虫剂和熏蒸剂。甲酸乙酯作为香精可用于调合桃子、香蕉、苹果、杏、菠萝、浆果等香气,亦可作为黄油、白兰地酒、甜酒、威士忌酒等的香料。甲酸乙酯也是有机合成的中间体。例如在制药工业,用于抗肿瘤药物富雪定、维生素B1的生产;甲酸乙酯与丙酮在甲醇钠-二甲苯溶液中缩合可得乙酰基乙烯醇钠,与乙酰甘氨酸酯缩合再与硫氰化钾环合可得2-巯基咪唑-4-羧酸乙酯。甲酸乙酯用于生产鱼腥草素、痛惊宁、康复龙、噻嘧啶、噻啶苯芥、利血生、全合成法山莨菪等的药物。甲酸乙酯水解(1)稀硫酸,加热!HCOOC2H5+H2OHCOOH+C2H5OH(2)碱性条件,加热!HCOOC2H5+NaOH==>HCOONa+C2H5OH

化学词典告诉你磷化处理工艺原理及作用,磷化是一种化学与电化学反应形成磷酸盐化学转化膜的过程,所形成的磷酸盐转化膜称之为磷化膜。磷化处理工艺应用于工业己有90多年的历史,大致可以分为三个时期:奠定磷化技术基础时期、磷化技术迅速发展时期和广泛应用时期。磷化处理工艺原理是什么呢?作用是什么? 磷化处理工艺原理磷化过程包括化学与电化学反应。不同磷化体系、不同基材的磷化反应机理比较复杂。虽然科学家在这方面已做过大量的研究,但至今未完全弄清楚。在很早以前,曾以一个化学反应方程式简单表述磷化成膜机理:8Fe+5Me(H2PO4)2+8H2O+H3PO4-Me2Fe(PO4)2·4H2O(膜)+Me3(PO4)·4H2O(膜)+7FeHPO4(沉渣)+8H2↑Me为Mn、Zn等,Machu等认为,钢铁在含有磷酸及磷酸二氢盐的高温溶液中浸泡,将形成以磷酸盐沉淀物组成的晶粒状磷化膜,并产生磷酸一氢铁沉渣和氢气。这个机理解释比较粗糙,不能完整地解释成膜过程。随着对磷化研究逐步深入,当今,各学者比较赞同的观点是磷化成膜过程主要是由如下4个步骤组成:①酸的浸蚀使基体金属表面H+浓度降低Fe–2e→Fe2+2H2-+2e→2[H](1)H2②促进剂(氧化剂)加速[O]+[H]→[R]+H2OFe2++[O]→Fe3++[R]式中[O]为促进剂(氧化剂),[R]为还原产物,由于促进剂氧化掉第一步反应所产生的氢原子,加快了反应(1)的速度,进一步导致金属表面H+浓度急剧下降。同时也将溶液中的Fe2+氧化成为Fe3+。③磷酸根的多级离解H3PO4H2PO4-+H+HPO42-+2H+PO43-+3H-(3)由于金属表面的H+浓度急剧下降,导致磷酸根各级离解平衡向右移动,最终为PO43-。④磷酸盐沉淀结晶成为磷化膜当金属表面离解出的PO43-与溶液中(金属界面)的金属离子(如Zn2+、Mn2+、Ca2+、Fe2+)达到溶度积常数Ksp时,就会形成磷酸盐沉淀Zn2++Fe2++PO43-+H2O→Zn2Fe(PO4)2·4H2O↓(4)3Zn2++2PO43-+4H2O=Zn3(PO4)2·4H2O↓(5)磷酸盐沉淀与水分子一起形成磷化晶核,晶核继续长大成为磷化晶粒,无数个晶粒紧密堆集形而上学成磷化膜。磷酸盐沉淀的副反应将形成磷化沉渣Fe3++PO43-=FePO4(6)以上机理不仅可解释锌系、锰系、锌钙系磷化成膜过程,还可指导磷化配方与磷化工艺的设计。从以上机理可以看出:适当的氧化剂可提高反应(2)的速度;较低的H+浓度可使磷酸根离解反应(3)的离解平衡更易向右移动离解出PO43-;金属表面如存在活性点面结合时,可使沉淀反应(4)(5)不需太大的过饱和即可形成磷酸盐沉淀晶核;磷化沉渣的产生取决于反应(1)与反应(2),溶液H+浓度高,促进剂强均使沉渣增多。相应,在实际磷化配方与工艺实施中表面为:适当较强的促进剂(氧化剂);较高的酸比(相对较低的游离酸,即H+浓度);使金属表面调整到具备活性点均能提高磷化反应速度,能在较低温度下快速成膜。因此在低温快速磷化配方设计时一般遵循上述机理,选择强促进剂、高酸比、表面调整工序等。关于磷化沉渣。因为磷化沉渣主要是FePO4,要相减少沉渣量就必须降低Fe3+的产生量,即通过两个方法:降低磷化液的H+浓度(低游离酸度);降低促进剂浓度,以减少Fe2+氧化成为Fe3+。锌材与铝材磷化机理基本与上相同。锌材的磷化速度较快,磷化膜只有磷酸锌盐单一组成,并且沉渣很少。铝材磷化一般要加入较多的氟化合物,使之形成AlF3、AlF63-,铝材磷化步聚与上述机理基本相同。磷化处理的作用给基体金属提供保护,在一定程度上防止金属被腐蚀;用于涂漆前打底,提高漆膜层的附着力与防腐蚀能力;在金属冷加工工艺中起减摩润滑使用。